Vanaf 1720 huisvestte de vesting het garnizoen van Sint-Petersburg, en fungeerde hettevens als een van de beruchtste gevangenissen voor politieke gevangenen in het [[Keizerrijk Rusland|Russische Rijk]]. De eerste die in de vesting werd opgesloten was [[Aleksej Petrovitsj van Rusland|Aleksej Petrovitsj]], de zoon van tsaar Peter de Grote. De vorst en anarchist [[Peter Kropotkin]] wist in 1876 als eerste gevangene te ontsnappen. In de vesting, die bekendstond als de ''Russische Bastille'', hebben talloze bekende revolutionairen gevangengezeten onder wie [[Fjodor Dostojevski]], [[Maksim Gorki]], [[Michail Bakoenin]], [[Nikolaj Tsjernysjevski]], [[Peter Kropotkin]], [[Aleksandr Oeljanov]], [[Nikolaj Bauman]] en vele anderen. De gevangenis belichaamde als het ware de onderdrukking vandoor het tsaristische regime, en de wildste verhalen deden de ronde over de verschrikkelijke omstandigheden binnen de muren van het gebouw, waar duizenden gevangenen in te kleine cellen zouden zitten. In werkelijkheid waren de omstandigheden er niet slechter dan in andere gevangenissen en zaten er nooit meer dan honderd gevangenen tegelijk en later nog minder.
===Russische Revolutie===
Tijdens de [[Februarirevolutie (1917)|Februarirevolutie]] in 1917, die het einde betekende van het tsarenrijk, werd de vesting ingenomen door revolutionairen die de gevangen bevrijdden. Tot hun grote verbazing zaten er slechts negentien soldaten die de dag ervoor waren opgepakt wegens muiterij. Nadien werden er honderden functionarissen van het oude tsaristische regime in de vesting opgesloten, deels om hen te beschermen tegen woedende menigten.
Op {{OudeStijlDatum|7 november|1917|25 oktober}} voerden de bolsjewieken een staatsgreep uit, die de geschiedenis in is gegaaningegaan als de [[Oktoberrevolutie]]. Na het beroemde schot van de pantserkruiser [[Aurora (kruiser)|Aurora]] om 21.00 uur vuurden de kanonnen van de Petrus- en Paulusvesting ongeveer dertig kogels af op het Winterpaleis, waarin de [[Voorlopige Regering (Rusland)|Voorlopige Regering]] zetelde. Slechts twee kogels raakten het paleis en richtten maar weinig schade aan. Vroeg in de morgen van de volgende dag werd het Winterpaleis toch nog ingenomen en werden de ministers van de Voorlopige Regering opgesloten in de vesting.
In 1924 werd de gevangenis gesloten en werd de vesting een museum. Tijdens het [[beleg van Leningrad]] in de [[Tweede Wereldoorlog]] raakte het bouwwerk zwaar beschadigd ten gevolge van Duitse bombardementen. Na de oorlog werd het gebouw gerestaureerd.
==Kanonvuur==
Sinds de achttiende eeuw wordt dagelijkselke middag om 12 uur 's middags een kanon dat op de Petrus- en Paulusvesting staat afgevuurd. Oorspronkelijk had dit ten doel de inwoners van Sint-Petersburg de tijd te melden of de mensen te waarschuwen als het waterpeil van de Neva steeg en er gevaar voor overstromingen bestond.
