Oethman zette de veroveringspolitiek van zijn voorgangers voort. Zoals zijn voorganger, Omar ibn al-Khattab, wilde ook Oethman een islamitisch rijk waarin verschillende rassen en afkomst bijeenkwamen.
Zijn centralistische politiek in de laatste zes jaar van zijn regering, die een einde maakte aan veel privileges van de Arabische legers in de provincies en hen dwong een deel van de geïnde belasting aan de staatskas af te staan, alsmede de beschuldiging van [[nepotisme]], leidden tot rebellie tegen hem. Ook leidde de hogere inkomsten en de sterk verbeterde [[levensstandaard]], die het gevolg was van de veroveringen en inkomsten uit de oorlogen, vaak tot onislamitische handelingen en gedragingen onder sommige [[moslims]]. In 656 trokken uiteindelijk ca. 600 in Egypte gelegerde Arabische militairen naar Medina. Ze kwamen naar [[Ali ibn Abu Talib]] en maakten hem duidelijk dat ze hem als kalief wilden hebben en dat zij kwamen om Oethman af te zetten. Hierop reageerde Ali woedend, waarschuwde de militairen voor het begaan van een grote [[Zonde (religie)|zonde]] en zond ze weg. Zijn woorden en waarschuwing hadden geen invloed op de militairen en aangezien Ali begreep dat de militairen vastberaden waren om Oethman te doden zond hij zijn zonen [[Hassan ibn Ali|Hassan]] en [[Hoessein (imam)|Hoessein ibn Ali]] naar het huis van Oethman om hem te beschermen. Ook enkele andere [[sahaba]] zonden hun zonen naar het huis van Oethman. De militairen vroegen Oethman om af te treden en vuurden vele pijlen richting zijn woning waardoor [[Hoessein (imam)|Hoessein ibn Ali]] door één pijl werd geraakt. Oethman weigerde om af te treden omdat hij vond dat de kalief de verantwoordelijkheid van zijn functie aan [[God (islam)|God]] schuldig is en in plaats van af te treden dat hij de dood prefereerde en maakte hen duidelijk dat hij aan niemand opdracht had gegeven om hem te beschermen. Hij moest hierbij denken aan de volgende woorden die Mohammed tot hem richtte; '' Je zult een hemd dragen en de hypocrieten zullen van jou vragen om dat hemd uit te doen. Doe dat hemd nooit uit Oethman, totdat je mij bereikt.'' De militairen maakten Oethman duidelijk dat zij niet terug zouden keren voordat hij af zou treden of gedood zou worden. Oethman wees hen er meerdere malen op dat het doden van een moslim in de islam alleen is toegestaan bij [[Echtbreuk|overspel]], bewuste [[moord]] en [[afvalligheid]] en dat zij hem niet van deze dingen konden beschuldigen. Ook stond hij zijn voorstanders niet toe met de militairen oorlog te voeren omdat hij tegen het vergieten van onschuldig moslimbloed was in Medina, de stad van de Profeet. Hij wilde hiermee de eventuele [[fitna (Islam)|fitna]] voorkomen. Na een korte belegering drongen drie opstandelingen uiteindelijk de eenvoudige woning van Oethman via doorboorde achtermuren binnen en de kalief werd met negen [[dolk]]steken om het leven gebracht terwijl hij de Koran las. Zijn bloed druppelde op de [[aya]] van [[soera De Koe]] 137 ''En indien zij geloven, zoals jij hebt geloofd, dan zijn zij juist geleid, maar indien zij zich afwenden, dan zijn zij in verzet; God zal u zeker voldoende zijn tegen hen, want Hij is de Alhorende, de Alwetende.'' Na Oethmans dood werd [[Ali ibn Abu Talib]] door de commissie gekozen tot de vierde en laatste Rechtgeleide Kalief.
Door sommigen wordt de verkiezing van Oethman tot kalief als een manipulatie in het belang van de Omajjaden beschouwd. Dit zou zijn vergemakkelijkt doordat hij de dochters van Mohammed, [[Roekajja bint Mohammed|Roekajja]] en [[Oem Koelthoem]], had gehuwd en door zijn onbetwistbare vroomheid.
