Het onderzoek wordt uitgevoerd door een [[MDL-arts]] of [[Internist]]. Deze brengt de endoscoop in de [[mondholte]] van de patiënt. Waarna de arts vraagt om slikbewegingen te maken. Deze soepele, bestuurbare slang wordt als. Dit kan een vervelend en opgeblazen gevoel geven. Indien nodig worden [[biopsie|biopten]] van het slijmvlies genomen om op eventuele infecties te onderzoeken. Tijdens het onderzoek kan ook een kriebelend gevoel ontstaan in de keel wanneer de endoscoop hierlangs geschoven wordt. Dit kan het braakreflex uitlokken. Ten slotte kan het verwijderen van de endoscoop een onaangenaam gevoel zijn, omdat de slokdarm zich namelijk samentrekt en er een beetje maagzuur meekomt. De uitvoering duurt circa 2 á 5 minuten afhankelijk van de gespannenheid van de patiënt. Patiënten die zich ontspannen tijdens het onderzoeken zijn soms al binnen twee minuten klaar.
