De huidige prefectuur Mie is ontstaan uit de voormalige [[Provincies van Japan|provincies]] [[Ise (provincie)|Ise]], [[Shima (provincie)|Shima]] en [[Iga (provincie)|Iga]] en het oostelijkeoostelijk deledeel van de provincie [[Kii (provincie)|Kii]]. Het gebied werd herhaaldelijk gereorganiseerd tijdens de [[Meiji-periode]]. In 1871 werd het gebied ten noorden van de Kiso-rivierrivieren en het gebied van de huidige stad [[Tsu]] samen de prefectuur Anōtsu. Het gebied ten zuiden hiervan werd de prefectuur Watarai. InDe 1872 verhuisde de hoofdstadhoodstad van de prefectuur Anōtsu vanwas [[Tsu]]. In 1872 werd de bestuurszetel verplaatst naar [[Yokkaichi]].De prefectuuren werd hernoemdde naam van de prefectuur gewijzigd totin prefectuur Mie. In 1873 werd Tsu opnieuw hoofdstad., Inen in 1876 werd het toenmalige Mie samengevoegd met de prefectuur Watarai, waarnawaarmee de prefectuur zijn huidige vorm kreeg.
