In [[1948]] splitsesplitste een deel van [[APOEL Nicosia]] zich af vanwege politieke standpunten en richtte Omonia op. De club werd ook succesvol en is de aartsrivaal van Apoel. De club speelde in [[1953]] voor het eerst in de hoogste klasse.
De eerste titel werd in [[1961]] binnen gehaald en van [[1974]] tot [[1979]] werd de club zes keer op rij kampioen, een CyprotischCypriotisch record dat nog steeds niet verbroken is. Op Europees vlak kon de club echter niet wedijveren met de grote teams. In [[1980]] verloor de club met 10-0 tegen [[AFC Ajax]] in de [[Europacup I]], de terugwedstrijd in Nicosia werd wel met 4-0 gewonnen. Ook in de [[1980-1989|jaren 80]] was de club nog succesvol, maar in de [[1990-1999|jaren 90]] domineerde [[Anorthosis Famagusta]] de competitie. In [[2001]] en [[2003]] werd de club opnieuw kampioen. Deze prestatie werd herhaald in [[2010]].
[[Henk Houwaart]] en [[Arie Haan]] waren enige tijd trainer van Omonia Nicosia; [[Gunter Thiebaut]] en [[Khalid Sinouh]] speelden er elk een seizoen. [[Stijn Vreven]] keerde in 2006 na enkele weken Cyprus snel weer terug naar Nederland.
