Vanwege hun gunstige effecten worden bifidobacteriënsommige wijd verspreidstammen toegepast in de levensmiddelenindustrie, geneeskunde en diervoeding als [[probiotica]]. Het ultieme doel is de omgeving van het [[maag-darmstelsel]] te verbeteren en darminfecties te verhinderen. De meeste toepassingen bevinden zich in de zuivelindustrie, vooral in gefermenteerde procten zoals [[yoghurt]]. Bifidobacteriën zijn anaëroob en sterven daarom snel af in contact met zuurstof uit de lucht. Na openen verliest een product met bifidobacteriën dus snel zijn gunstige werking.
