Ondertussen was Rijnders in 1969 voor 400.000 gulden van Go Ahead naar [[AFC Ajax|Ajax]] gegaan. In zijn eerste seizoen werd de centrale middenvelder en balafpakker met Ajax landskampioen en bekerwinnaar. Het jaar daarop werd de Amsterdamse ploeg opnieuw bekerwinnaar en werd tevens de [[Europacup 1I (voetbal)|Europacup 1I]] binnengehaald. Op [[Wembley]] werd [[Panathinaikos FC|Panathinaikos]] verslagen. In deze wedstrijd kreeg Rijnders echter last van benauwdheid in zijn borst en werd hij in de rust vervangen door [[Horst Blankenburg]]. Rijnders speelde in twee seizoenen 53 competitieduels voor Ajax, waarin hij vier keer scoorde. Opmerkelijk genoeg vertrok de hardwerkende en goed functionerende Rijnders in de zomer van 1971 naar [[Club Brugge|FC Brugge]] in België, dat hem een beter contract aanbood dan Ajax hem wilde geven.<ref>''Nico Rijnders naar Brugge'', Leeuwarder Courant, 17 juni 1971.</ref> Later werd er gesuggereerd dat het bestuur van Ajax onder leiding van [[Jaap van Praag]] weet had van zijn hartproblemen en daarom weinig moeite deed hem voor de Amsterdamse club te behouden.<ref>[http://www.sportgeschiedenis.nl/2006/12/10/de-vergeten-dood-van-een-ajax-speler.aspx De vergeten dood van een Ajax-speler], Sportgeschiedenis.nl, 10 december 2006.</ref>
