Overleg:Pyrimidine

Niet moeilijker dan andere artikelen over chemische verbindingen. Te specialistisch weggehaald. --Kafir 16 mei 2009 02:57 (CEST)

SMILES-notatie

Ik had de SMILES-notatie aangepast naar een notatie die expliciet het aromatische karakter weergeeft, maar dat is teruggedraaid omdat die "zeer weinig" gebruikt zou worden. Google suggereert echter dat het elkaar niet veel ontloopt. Ik kan de kwaliteit van de verschillende bronnen daarin moeilijk met elkaar vergelijken, maar de notatie met kleine letters heeft als voordeel dat het aromatische karakter van het molecuul expliciet wordt gemaakt. Ook de ontwikkelaars van de notatie lijken daaraan de voorkeur te geven, zie [1]. Ik zou dus (1) graag een bron zien voor het "zeer weinig" en (2) wanneer het elkaar inderdaad qua gebruik niet veel ontloopt, een reden om de voorkeur te geven aan de in mijn ogen minder correcte en meer ambigue "Kékulé"-vorm. Een recent gezaghebbend handboek dat het zo doet is uiteraard ook voldoende. paul b 20 mei 2009 23:22 (CEST)

Ten eerste, er is niets ambigu aan de Kekulé-vorm. Iedereen met een beetje chemische kennis ziet onmiddellijk dat dit een aromatisch molecuul is. Ten tweede, zo goed als alle (!) handboeken over organische chemie gebruiken de Kekulé-vorm, zie bijvoorbeeld 1 en 2. ref. 2 is "de McMurry", een boek dat algemeen beschouwd wordt als referentiehandboek. Bij mijn weten wordt de "aromatische" notatie zeer weinig gebruikt bij heterocycles, wel bij benzeen en derivaten. En zelfs daar wordt de Kekulé-notatie veel meer gebruikt.--Mrgreen71 21 mei 2009 13:37 (CEST)

Volgens mij hebben we het hier over twee verschillende dingen. Wat jij hier zegt, gaat over de notatie van de structuurformule, niet over SMILES. Niettemin, beide SMILES-notaties zijn mogelijk en correct, dat is helemaal waar, en de Kekulé-notatie lijkt inderdaad in structuurformules nog steeds veel vaker gebruikt te worden (in feite gebruiken veel databases de Kekulé-vorm voor de structuurformule en "c1cncnc1" als SMILES!). Dan is de vraag wat we hier zouden moeten gebruiken. Een notatie die (naar mijn inschatting) wat minder helder is maar die direct overeenkomt met de meest gebruikte structuurformule of een notatie die naar mijn idee beter overeenkomt met de specificaties van SMILES, maar die niet direct overeenkomt met de gebruikte structuurformule. We zouden kunnen overwegen beide SMILES-codes te gebruiken, omdat ze allebei ongeveer even veel gebruikt worden. paul b 22 mei 2009 12:17 (CEST)

Consquent zijn, zou ik zo zeggen. Structuurformule zou overeen moeten komen met SMILES. Ik gebruik trouwens de SMILES-code vooral om in ChemDraw te plakken en zo direct tot de structuur te komen. Dan is het handig dat je direcr de Kekulé-notatie hebt, die zowat overal gemeengoed is (ook op de anderstalige wiki's). SMILES-codes haal ik overigens bijna altijd uit PubChem, waar men altijd de Kekulé-notatie gebruikt.--Mrgreen71 23 mei 2009 01:46 (CEST)