Het orgel werd gebouwd door de Italiaanse orgelbouwer Fratelli Ruffatti, in opdracht van de toenmalige Crystal Cathedral-gemeente en werd gefinancierd door Hazel Wright, een vaste kijker van het programma Hour of Power, dat vanuit deze kerk werd uitgezonden. Wright doneerde 2 miljoen dollar voor de bouw van het orgel. In het uiteindelijke orgel werden 2 bestaande orgels opgenomen, namelijk het 100 registers tellende Aeolian-Skinner orgel uit het Lincoln Center in New York en het Ruffatti-orgel met 94 registers uit 1977 van het vorige kerkgebouw in Garden Grove. Ruffatti gebruikte voor de bouw specificaties van organist Virgil Fox. Het orgel kwam in 1982 gereed.
In 2013 moesten door financiële problemen de uitzendingen van Hour of Power worden gestaakt en kwam de kerk in handen van het rooms-katholiekebisdom Orange. Het orgel werd in februari 2014 ontmanteld en naar Padua verscheept voor restauratie in de werkplaats van Fratelli Ruffatti. Het zal worden teruggeplaatst wanneer de restauratiewerkzaamheden aan de kerk zijn afgerond. Dit was gepland voor eind 2018.[1][2][3] Uiteindelijk wordt het orgel op 15 mei 2020 ingewijd.[4]
Na uitbreidingen onder leiding van de eerste organist Frederick Swann omvatte het in 2008 270 registers 31 digitale registers en 16.061 pijpen die bespeelbaar waren vanaf twee vijfklaviers speeltafels: bij het hoofdorgel en bij het galerij-orgel.
De registers zijn verdeeld over 16 werken, die verspreid door de kerk zijn aangebracht:
Werk
Positie
I Choir
tweede laag, oostelijke toren
II Great
derde laag, westelijke toren
II Gallery Great
galerij-orgel, westzijde
II Hoofdwerk
eerste laag, oostelijke toren
III Swell
in zwelkast, eerste laag, westelijke en oostelijke toren
III Borstwerk
eerste laag, westelijke toren
IV Solo
tweede laag, westelijke toren
V Celestial
in zwelkast, galerij-orgel, westzijde
V Positiv
vierde laag, oostelijke toren
String
in zwelkast, zwevend boven westelijke galerij
Gospel
zwevend boven oostelijke galerij
Epistle
zwevend boven westelijke galerij
Echo
in zwelkast, zwevend op 40 meter hoogte boven middenpad
Percussion
verdeeld over Choir, Positiv, Gallery, Great, Celestial
Pedal
tweede laag, westelijke toren; vierde laag, oostelijke toren