Open Tree of Life

Open Tree of Life
	Open Tree of Life op het knooppunt Eukaryota
Type	Biodiversiteit database
Taal	Engels
Registratie	Optioneel
Opgericht	September 2015
Status	Actief
Link	(en) Projectpagina
Portaal	Media ; Biologie

Open Tree of Life is een online fylogenetische stamboom - een gezamenlijke inspanning, gefinancierd door de National Science Foundation.^[1]^[2] Het eerste ontwerp, dat 2,3 miljoen soorten bevatte, werd in september 2015 uitgebracht.^[3]

Met de interactieve grafiek kan de gebruiker inzoomen op taxonomische classificaties, fylogenetische bomen en informatie over knooppunten opvragen. Bij individuele soorten worden ook de bron- en referentietaxonomie getoond.

Aanpak bewerken

Het project maakt gebruik van een "superboom"- aanpak waarbij een enkele fylogenetische stamboom wordt samengesteld uit een combinatie van kleinere fylogenetische bomen. Deze stamboom (te zien op tree.opentreeoflife.org^[4]) wordt gegenereerd op basis van een uitgebreide taxonomie en een samengestelde set van gepubliceerde fylogenetische schattingen.

De taxonomie is een combinatie van verschillende grote classificaties die door andere projecten zijn geproduceerd; het is gemaakt met behulp van een softwaretool genaamd "smasher".^[5] De resulterende taxonomie wordt een Open Tree Taxonomy (OTT) genoemd en kan online worden bekeken.^[6]

Geschiedenis bewerken

Het project is in juni 2012 gestart met een driejarige NSF-prijs voor onderzoekers van tien universiteiten. In 2015 is aan onderzoekers van drie instellingen een tweejarige aanvullende prijs toegekend.

Zie ook bewerken

Tree of Life Web Project

Bronnen, noten en/of referenties

↑ (en) Hinchliff, C. E., Smith, S. A., Allman, J. F., Burleigh, J. G., Chaudhary, R., Coghill, L. M., Crandall, K. A., Deng, J., Drew, B. T., Gazis, R., Gude, K., Hibbett, D. S., Katz, L. A., Laughinghouse, H. D., 4th, McTavish, E. J., Midford, P. E., Owen, C. L., Ree, R. H., Rees, J. A., Soltis, D. E., Williams, T., Cranston, K. A. (oktober 2015). Synthesis of phylogeny and taxonomy into a comprehensive tree of life. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 112 (41): 12764–9. PMID: 26385966. PMC: 4611642. DOI:10.1073/pnas.1423041112.
↑ (en) Assembling, Visualizing, and Analyzing the Tree of Life. National Science Foundation (NSF). Geraadpleegd op 11 februari 2016.
↑ (en) Pennisi, Elizabeth, First comprehensive tree of life shows how related you are to millions of species. Science Magazine (21 september 2015). Geraadpleegd op 24 juni 2020.
↑ (en) Opentree. Geraadpleegd op 24 juni 2020.
↑ (en) Rees, Jonathan A., Cranston, Karen (2017). Automated assembly of a reference taxonomy for phylogenetic data synthesis. Biodiversity Data Journal 5 (5): e12581. PMID: 28765728. PMC: 5515096. DOI:10.3897/BDJ.5.e12581.
↑ (en) Open Tree taxonomy: cellular organisms. tree.opentreeoflife.org. Geraadpleegd op 27 juni 2020.

[1] (en) Hinchliff, C. E., Smith, S. A., Allman, J. F., Burleigh, J. G., Chaudhary, R., Coghill, L. M., Crandall, K. A., Deng, J., Drew, B. T., Gazis, R., Gude, K., Hibbett, D. S., Katz, L. A., Laughinghouse, H. D., 4th, McTavish, E. J., Midford, P. E., Owen, C. L., Ree, R. H., Rees, J. A., Soltis, D. E., Williams, T., Cranston, K. A. (oktober 2015). Synthesis of phylogeny and taxonomy into a comprehensive tree of life. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 112 (41): 12764–9. PMID: 26385966. PMC: 4611642. DOI:10.1073/pnas.1423041112.

[2] (en) Assembling, Visualizing, and Analyzing the Tree of Life. National Science Foundation (NSF). Geraadpleegd op 11 februari 2016.

[3] (en) Pennisi, Elizabeth, First comprehensive tree of life shows how related you are to millions of species. Science Magazine (21 september 2015). Geraadpleegd op 24 juni 2020.

[4] (en) Opentree. Geraadpleegd op 24 juni 2020.

[5] (en) Rees, Jonathan A., Cranston, Karen (2017). Automated assembly of a reference taxonomy for phylogenetic data synthesis. Biodiversity Data Journal 5 (5): e12581. PMID: 28765728. PMC: 5515096. DOI:10.3897/BDJ.5.e12581.

[6] (en) Open Tree taxonomy: cellular organisms. tree.opentreeoflife.org. Geraadpleegd op 27 juni 2020.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]