Cissoko begon met voetballen bij VV Union en kwam in 2011 in de gezamenlijke jeugdopleiding van VVV-Venlo en Helmond Sport. In 2013 stapte hij over naar de Vitesse Voetbal Academie. In 2016 kwam hij terecht in de jeugd van N.E.C.. Op 10 juli 2021 werd Cissoko door FC Dordrecht gepresenteerd als nieuwe speler.[1] De technisch directeur van N.E.C., Ted van Leeuwen, gaf een dag later aan dat dit voorbarig was maar dat het wel de bedoeling was dat Cissoko transfervrij zou overstappen naar Dordrecht met een doorverkooppercentage.[2] De transfer ging echter niet door en Cissoko sloot aan bij het onder 21 team van de Nijmegenaren. Bij N.E.C. debuteerde hij op 29 april 2022 in de met 1-0 verloren wedstrijd tegen FC Utrecht. Hij viel na 82 minuten in voor Souffian El Karouani. Op 8 mei 2022 maakte Cissoko zijn eerste treffer in de Eredivisie. De aanvaller scoorde in de blessuretijd van de tweede helft de winnende treffer tegen Go Ahead Eagles (1-0).
In zijn eerste volledige seizoen zat hij elke wedstrijd bij de selectie. Hij speelde 27 wedstrijden en scoorde daarin twee keer. Hij kwam echter voornamelijk als invaller op het veld. In totaal speelde Cissoko 32 wedstrijden voor N.E.C., waarin hij goed was voor drie goals.
Op 8 juni 2023 werd bekend dat Toulouse FC een principeakkoord bereikt met N.E.C. over de transfer van Cissoko. De Franse club legde 3 miljoen euro voor de aanvaller neer, waarmee hij de topdrie van hoogste uitgaande transfers van N.E.C. binnentrad, achter Björn Vleminckx en Jasper Cillessen.