Emil Bijlsma speelde in de jeugd van SV Borger en FC Emmen. Hij maakte zijn debuut in het betaald voetbal voor FC Emmen op 6 oktober 2017, in de met 2–0 gewonnen thuiswedstrijd tegen SC Cambuur. Hij kwam in de 90+2e minuut in het veld voor Hilal Ben Moussa. FC Emmen promoveerde naar de Eredivisie, maar in het gehele seizoen 2018/19 kwam Bijlsma niet in actie. Na het aflopen van zijn contract in 2019 vertrok hij naar VV Hoogeveen.