Chromatine-immunoprecipitatie

Chromatine-immunoprecipitatie (ChIP) is een methode uit de moleculaire biologie om interacties van eiwitten met kernmateriaal (DNA; chromatine) na te gaan. Zo kunnen (DNA-bindende) transcriptiefactoren opgespoord worden.

Protocol

• Permanent vasthechten van de eiwitten (transcriptiefactoren) door een zachte fixatie met formaldehyde
• DNA-extractie uit de cel
• In stukjes knippen van DNA-strengen door middel van sonicatie
• Verwijderen van aspecifieke bindingen met behulp van proteine A agarose parels
• Specifieke antilichaam-binding
• Precipitatie van deze DNA-eiwit-antilichaam-complexen met proteine A agarose parels
• Afgieten supernatant (met DNA dat niet aan het geselecteerde eiwit bindt)
• Wassen van de parels
• elutie van het DNA
• Scheiding van DNA en gebonden eiwit
• Zo bekomt men een verzameling (korte) DNA-fragmenten waarvan men weet dat ze interageren met de transcriptiefactor.

• Vervolgens kunnen deze fragmenten verder onderzocht worden
  • met een klassieke PCR (goedkoper)
  • met een DNA-microarray (ChIP on chip) (duurder maar miljoenen sequenties tegelijkertijd)
  • met Sequencing (ook wel ChIP-seq genoemd)

Mediabestanden

Zie de categorie Chromatin immunoprecipitation van Wikimedia Commons voor mediabestanden over dit onderwerp.