| Java: | Alas Purwo · Baluran · Bromo Tengger Semeru · Gunung Ciremai · Gunung Gede Pangrango · Gunung Halimun · Gunung Merapi · Gunung Merbabu · Karimunjawa · Kepulauan Seribu · Meru Betiri · Ujung Kulon |
| Kalimantan: | Betung Kerihun · Bukit Baka Bukit Raya · Danau Sentarum · Gunung Palung · Kayan Mentarang · Kutai · Sabangau · Tanjung Puting |
| Kleine Sunda-eilanden: | Bali Barat · Gunung Rinjani · Kelimutu · Komodo · Laiwangi Wanggameti · Manupeu Tanah Daru |
| Molukken en Papoea: | Aketajawe-Lolobata · Lorentz · Manusela · Teluk Cenderawasih · Wasur |
| Sulawesi: | Bantimurung - Bulusaraung · Bogani Nani Wartabone · Bunaken · Kepulauan Togean · Lore Lindu · Rawa Aopa Watumohai · Taka Bone Rate · Wakatobi |
| Sumatra: | Batang Gadis · Berbak · Bukit Barisan Selatan · Bukit Duabelas · Bukit Tigapuluh · Gunung Leuser · Kerinci Seblat · Sembilang · Siberut · Tesso Nilo · Way Kambas |
· 
· 