De stad werd gesticht in 1864 door Umaru Nagwamatse, een [[Fulbe]] uit het [[Kalifaat Sokoto|Koninkrijk Sokoto]]. Hij werd de eerste emir van Kontagora. Voordien leefden op deze plaats niet-islamitische Kamberi. Umaru Nagwamatse breidde zijn emiraat uit door de omliggende plaatsen te veroveren. Hij werd opgevolgd door zijn zoon Ibrahim Nagwamatse, die het paleis van Sarkin Sudan bouwde en berucht werd voor zijn raids om slaven te maken. Dit bracht hem in conflict met de Britten en die zetten hem in 1901 af en bezetten de stad. In 1903 werd Ibrahim Nagwamatse opnieuw emir, maar zijn macht was eerder ceremonieel en de stad werd onderdeel van de provincie Kontagora. In 1925 werd het een onderdeel van de provincie Niger. In 1976 werd het een LGA.<ref>{{en}} [https://www.britannica.com/place/Kontagora britannica.com] Geraadpleegd op 12 april 2022.</ref>
