Er worden drie [[Stam (biologie)|stammen]] onderscheiden:
* Stam [[Ciliophora]] (Doflein 1901) of Ciliata''ciliata'': worden zo genoemd om hun gebruik van [[trilhaar|trilharen]] of ''cilia'' om te [[motiliteit|bewegen]] en te eten. De ciliata hebben 2 [[celkern]]en: een [[micronucleus]] en een [[macronucleus]]. Een macronucleus bevat vaak meerdere kopieën van het [[genoom]] van de cel. Een bekend voorbeeld is het [[pantoffeldiertje]] (Paramecium''paramecium'').
* Stam [[Apicomplexa]] (Levine 1970) of Sporozoa''sporozoa'': zijn [[parasiet]]en bij dieren, en sommige veroorzaken ernstige ziekten. Ze worden gekenmerkt door een complex dat gespecialiseerde [[organel]]len bevat om [[gastheer (biologie)|gastheercellen]] of [[weefsel (biologie)|weefsels]] binnen te dringen: de 'apex'. Tot deze groep behoort ook ''[[Plasmodiumplasmodium (eencellige)|Plasmodiumplasmodium]]'', de parasiet die [[malaria]] veroorzaakt.
* Stam [[Dinoflagellaten|Dinoflagellata]] (Bütschli 1885): vormen een deel van het [[fytoplankton]], en worden gekenmerkt door hun [[flagel]]la die zo zijn geplaatst dat de dinoflagellata draaien als ze door het water bewegen.
