Voor de aanklagers van het [[Joegoslavië-tribunaal]] in [[Den Haag]] was Tolimir, direct na [[Radovan Karadžić]] en Ratko Mladić, een van de meest dringend gezochte oorlogsmisdadigers van de in de [[1990-1999|jaren negentig]] uitgevochten [[Joegoslavische Burgeroorlog]].
Tolimir bleef jaren ondergedoken. Op [[31 mei]][[2007]] werd hij dicht bij de Servische grens in het oosten van Bosnië en Herzegovina gearresteerd tijdens een grootscheepse, gezamenlijke actie van de Bosnische en de Servische autoriteiten, waarbij onder meer [[helikopter]]s en antiterreureenheden werden ingezet. Hij werd de volgende dag ter berechting overgebracht naar [[Nederland]] waar Tolimir zich voor het [[Joegoslavië-tribunaal]] moest verantwoorden wegens [[misdaden tegen de menselijkheid]], [[oorlogsmisdrijf|oorlogsmisdaden]] en [[genocide]].
Op de middag van [[1 juni]] arriveerde hij bij het [[huis van bewaring]] in [[Scheveningen]] waar hij, in afwachting van de voorgeleiding bij zijn rechters, onmiddellijk in hechtenis werd genomen. Het proces tegen Tolimir is op [[26 februari]][[2010]] begonnen. Op 12 december 2012 werd Tolimir door het tribunaal veroordeeld tot een levenslange gevangenisstraf wegens genocide, misdaden tegen de menselijkheid en oorlogsmisdaden gepleegd in 1995 na de val van de enclave Srebrenica en Zepa in Bosnië en Herzegovina.<ref>{{en}}[http://www.icty.org/sid/11175 'Zdravko Tolimir sentenced to life imprisonment for Srebrenica and Žepa crimes'], ''ICTY'' 12 december 2012, geraadpleegd op 12 december 2012.</ref>
Het vonnis werd in 2015 bevestigd. Op 9 februari 2016 overleed Tolimir op 67-jarige leeftijd in zijn cel.
