Autofagie is een complex [[cel (biologie)|cellulairintracellulair proces]]. In de beginfase van autofagie wordt het te verwijderen materiaal omsloten door een dubbel membraan. Dit membraan vormt zich door [[membraanfusie|fusie]] van kleine blaasjes die op ingewikkelde wijze samenkomen. Het volledige omsloten lichaam wordt het ''autofagosoom'' genoemd. Er zijn verschillende eiwitten geïdentificeerd die deelnemen aan het proces. Autofagie wordt strikt gereguleerd: te weinig of te veel kan zeer schadelijk zijn. Het gehele proces verloopt globaal in vijf stappen:
# Inductie vindt plaats via signaalmoleculen. Speciale [[kinase|proteïnekinasen]] (zoals mTOR-complex 1) die informatie doorgeven over de metabolische status van de cel, worden geactiveerd en activeren de autofagische machinerie.
