Ze arriveerde in 1274 in Frankrijk en bij het [[Verdrag van Orléans]] in 1275, werd bepaald dat Johanna uitgehuwd werd aan een zoon van Filips (Lodewijk of [[Filips IV van Frankrijk|Filips]]); hierdoor werd het bestuur van Navarra onder de hoede en bescherming van de koning van Frankrijk gesteld.
Ze was koningin van [[koninkrijk Navarra|Navarra]] (1274-1305) en werd in [[1284]] de tweede echtgenote van koning [[Filips IV van Frankrijk]], ook Filips de Schone genoemd. In 1297 bracht ze een leger op de been en voerde het persoonlijk aan tegen graaf [[Hendrik III van Bar]], toen hij tegen haar in opstand kwam door de Champagne binnen te vallen.<ref name="Woodacre 2013, p37">{{Aut|E. Woodacre}}, ''The Queens Regnant of Navarre: Succession, Politics, and Partnership, 1274-1512'', New York, 2013, p. [https://books.google.be/books?id=FXkhAQAAQBAJ&pg=PA37 37].</ref> Dit gebeurde expliciet in de afwezigheid van haar echtgenoot, en ze bracht hoogst persoonlijk de graaf naar de gevangenis alvorens zich weer bij haar echtgenoot te vervoegen.<ref name="Woodacre 2013, p37"/> Ze trad ook in persoon op in haar proces tegen bisschop Guichard van Troyes, die ze ervan beschuldigde op frauduleuze wijze fondsen te hebben gestolen van de Champagne en haar moeder.<ref name="Woodacre 2013, p37"/>
Hun kinderen (waaronder drie latere [[Frankrijk|Franse]] koningen) waren:
