Van Run was een robuuste verdediger en kwam in 1926 over van [[BOC]] uit [[Boxtel (plaats)|Boxtel]]. Van Run, wiens ouders groenteboer van beroep waren, was aanvankelijk niet geïnteresseerd in de overgang naar [[PSV (voetbalclub)|PSV]] omdat hij niet in de fabriek van [[Koninklijke Philips Electronics N.V.]] wilde werken. Een baan als [[chauffeur]] bracht hem uiteindelijk toch bij PSV. Hij groeit uit tot echte clubman en blijft PSV 16 seizoenen trouw. Met PSV wordt hij acht keer afdelingskampioen, de regionale competitie als voorbereiding op de [[kampioenscompetitie]]. Tevens wordt hij twee keer [[Nederlandse landskampioenen voetbal|landskampioen]]. Van Run was jaren de vaste aanvoerder van PSV en op 6 september 1942, op 38-jarige leeftijd, neemt hij afscheid. Hij speelde in totaal 475 wedstrijden voor PSV, waarvan 359 competitiewedstrijden; hij staat daarmee op de zevende plaats aller tijden. De lijst wordt aangevoerd door [[Willy van der Kuijlen]] en [[Willy van de Kerkhof]]. In 1937 werd hij benoemd tot ''lid van Verdienste'' van PSV.
Een van de sponsorruimtes in het [[Philips Stadion]] is naar hem genoemd, de Sjef van Run-zaal. Andere spelers met een eigen zaal zijn bijvoorbeeld [[Hans van Breukelen]], [[Berend Scholtens]], [[Eric Gerets]] en [[Lieuwe Steiger]].
