Ook voor de [[Habsburgers]] daarna waren de economische sterke Nederlanden van belang. Onder [[keizer Karel V]] (1515-1555) werd het gebied onderdeel van het [[Spaanse Rijk|Spaanse wereldrijk]]. Het zwaartepunt verschoof naar vooral Spanje, waarbij het bestuur van de Nederlanden werd overgelaten aan een [[landvoogd]]. Dat de Nederlanden deel uitmaakten van het Habsburgse rijk betekende ook dat deze gewesten betrokken raakten in reeds lang aan de gang zijnde [[Italiaanse Oorlogen]] tussen Frankrijk en de Habsburgers. Frankrijk zag zich, nadat Karel V ook koning van [[Spanje (personele unie)|Spanje]] geworden was, voor een groot deel omsingeld door het [[huis Habsburg]]. De Italiaanse Oorlogen beheersten de Europese politiek tot aan 1559 en de Frans-Habsburgse rivaliteit nog twee eeuwen langer. De zogenoemde [[Zeventien Provinciën|XVII Provinciën]] werden in deze periode tot een vergaand onafhankelijke eenheid gemaakt.
De protestantse [[reformatie]] sloeg vanaf dehet jarenmidden van de 1520eeuw aan in dit gebied, dat al lang een kritische houding aannam ten opzichte van de rooms-katholieke kerk. In economisch en [[demografie|demografisch]] opzicht was er vanaf het einde van de vijftiende eeuw sprake van een sterke groei. De oorlogen, met hoge belastingen en handelsblokkades als gevolg, drukten echter zwaar op de bevolking. Deze keer kwam er door de reformatie en vooral de harde vervolging daarvan nog een nieuwe factor bij. Dit explosieve mengsel zou leiden tot de [[Nederlandse Opstand|Opstand]]. De eerste opstand in 1567-1568 kon nog de kop ingedrukt worden, maar het harde beleid riep opnieuw veel weerstand op. Op 1 april 1572 slaagden de [[Geuzen (Tachtigjarige Oorlog)|geuzen]] erin om [[Inname van Den Briel|Den Briel in te nemen]] en begon een tweede opstand. Op 26 juli 1581 werd door de [[Staten-Generaal van de Nederlanden]] het op 22 juli opgestelde [[Plakkaat van Verlatinghe]] opgesteld. Hierin werd [[Filips II van Spanje|Filips II]] afgezet als heerser van de Nederlanden. Het plakkaat wordt gezien als de officiële onafhankelijkheidsverklaring die het begin inluidde van een autonoom Nederland. Hoewel de staatsvorm in de geschiedenis meerdere malen veranderd is, wordt dit door velen als het begin van Nederland gezien. De [[Beleg van Antwerpen (1584-1585)|val van Antwerpen]] in 1585 bezegelde daarna in militaire zin de scheiding van de noordelijke en zuidelijke Nederlanden. Bij gebrek aan een geschikte andere landsheer ontstond in 1588 de [[Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden|Republiek]].
