Voor de [[Tweede Kamerverkiezingen 2012|Tweede Kamerverkiezingen van september 2012]] stond Segers op de vierde plaats op de [[Tweede Kamerverkiezingen 2012/Kandidatenlijst/ChristenUnie|kandidatenlijst]] van de CUChristenUnie. Oud-RPF-leider [[Leen van Dijke]], voorzitter van de selectiecommissie, zei daar later over: ''Ik denk dat Segers in redeneren en woordkeus een brééd spectrum van de christelijke wereld aanspreekt. (...) We wilden dat de keus bij een leiderschapswissel niet noodzakelijk op één persoon zou vallen. Er moest iets te kiezen zijn.''<ref>[https://www.nd.nl/nieuws/politiek/segers-kan-snoepen-van-cda-en-sgp.1065947.lynkx Segers kan snoepen van CDA en SGP], Nederlands Dagblad, 27 november 2015</ref> De partij behaalde vijf zetels, en op 20 september werd Segers beëdigd als Kamerlid. In zijn portefeuille heeft hij Veiligheid en Justitie, Koninkrijksrelaties, Defensie, Europa, Media, Binnenlandse Zaken, Integratie en Grondrechten. Hij zet zich onder andere in op het gebied van [[prostitutie]]beleid en de bestrijding van [[mensenhandel]]. ToenNa het terugtreden van [[Arie Slob]] op 10 november 2015 aftrad als fractievoorzitter van de ChristenUnie in de Tweede Kamer, op 10 november 2015, <ref>[https://www.nd.nl/nieuws/politiek/arie-slob-gods-akker-is-groter-dan-het-binnenhof.990375.lynkx ''Arie Slob: Gods akker is groter dan het Binnenhof''.] [[Nederlands Dagblad]], 10 november 2015</ref> kozen de leden van de Tweede Kamerfractie van de ChristenUnie Segers op dezelfde dag tot nieuwe voorzitter.<ref>[http://nos.nl/artikel/2068162-politicus-slob-schuwde-het-dreigement-niet.html Politicus Slob schuwde het dreigement niet] NOS, 10 november 2015</ref>
In juni 2013 haalde een motie van Segers om [[hoorzitting]]en in de Tweede Kamer te houden waarbij mensen [[eed#Eed bij getuigenverklaringen|onder ede]] kunnen worden gehoord, een Kamermeerderheid. Deze werkwijze moet een alternatief bieden voor de [[parlementaire enquête in Nederland|parlementaire enquête]].<ref>[http://www.refdag.nl/nieuws/politiek/meerderheid_steunt_cu_plan_hearings_1_749432 Meerderheid steunt CU-plan hearings], ''Reformatorisch Dagblad'', 25 juni 2013</ref>
