Alflen begon als voetballer bij het Utrechtse [[Sporting '70]]. In 1985 maakte hij zijn debuut als prof bij [[FC Utrecht]]. Daar speelde hij tot en met 1991, waarna hij naar [[AFC Ajax|Ajax]] ging. Hij liep in november 1993 een ernstige rugblessure op waardoor hij lange tijd uit de roulatie was. In zijn periode bij Ajax won hij eenmaal het [[Eredivisie (mannenvoetbal)|landskampioenschap]], de [[KNVB beker]], de supercup[[Nederlandse Supercup]] en de [[UEFA Cup]], echter had hij hier slechts een klein aandeel in. In de zomer van 1994 werd hij afgekeurd voor het spelen van betaald voetbal. Hij keerde voorzichtig terug, in het [[Nederlands amateurvoetbal|amateurvoetbal]] bij Hoofdklasser [[USV Holland]] waarmee hij de [[Zondag Hoofdklasse A]] en de algehele titel bij de zondagamateurs won. Eind 1995 wilde FC Utrecht hem terughalen maar zag af van de drie ton afkoopsom aan de verzekeringsmaatschappij. In februari 1996 ging [[SBV Vitesse|Vitesse]] hier wel mee akkoord maar na een paar maanden werd hij opnieuw afgekeurd. Alflen speelde vervolgens nog voor [[Sparta Rotterdam]], [[Heracles Almelo]] en [[Cambuur Leeuwarden]]. Hij behaalde echter nooit meer zijn oude niveau. In totaal speelde Alflen 279 duels in het professionele voetbal, waarin hij dertig maal doel trof.
