In de zomer van 1957 werd hij opgenomen in ziekenhuis Westeinde voor een maagkwaal. De eerste weken na de operatie waren kritiek. Juist in die tijd zag de toenmalige directeur van het [[Stedelijk Museum Amsterdam]], [[Willem Sandberg]] met zijn vrouw een reeks werken van Nanninga, die zijnde schilder Goos Verweij voor zijn zieke vriend aan hen beiden toonde. Sandberg werd heel enthousiast en besloot direct tot het maken van een tentoonstelling van Nanninga's werk in het Stedelijk, en deelde dit de doodzieke kunstenaar zelf mee in het ziekenhuis. Hij kreeg van Nanninga de sleutel mee van zijn atelier om de nodige werken hiervoor te kunnen selecteren.<ref name="Goos Verweij" /> De tentoonstelling werd al op 8 november 1957 geopend door kunstcriticus [[Hans Redeker]] en duurde tot 10 december; daarna gingen de schilderijen over naar het [[Gemeentemuseum Den Haag]], tot en met maart 1958. De belangstelling voor beide exposities was groot en gaf de naam Nanninga meer bekendheid in Nederland. OndanksOok zijninternationaal aanvankelijkbegon noghij wankeletoen gezondheiddoor werktete hijbreken; zelfin vanaf1958 diedeed tijdhij hardsamen met [[Gerrit Benner]] en metandere plezier.Nederlandse Erkunstenaars volgdenmee enkeleaan vruchtbarede jaren,[[Biënnale waarinvan hijVenetië]] met 19 van zijn werkenschilderijen meeren verkochtreisde danook voorheen,zelf ennaar deVenetië. waarderingHet -jaar ookerna vannam hij samen met Appel en [[Corneille]] deel aan de kantBiënnale van deSao grotePaulo, museamaar -vond toenam.<refhet name="Goostoen Verweij"niet />nodig om die zelf te bezoeken:
:'' 'Ik heb om te kunnen werken verre of vreemde streken niet nodig, en wel, omdat alles vreemd is. Zeker, de vormen verschillen, het mysterie blijft echter hetzelfde, hier en overal en vooral dat, wat wij ons 'eigen ik' noemen. Natuurlijk heb ik hier en daar wat rondgezworven, om toch tot de conclusie te komen, dat ik, tegen wil en dank altijd op reis ben en wel op een planeet in het heelal' ''<ref name="Erik Slagter" />
InOndanks zijn aanvankelijk nog wankele gezondheid, maar ook aangemoedigd door de groeiende waardering voor zijn werk brak er een productieve periode aan tot 1962; hij werkte verbeten, maar kreeg ook enkele hevige inzinkingen waarin hij sterk aan zijn eigen vermogen tot schilderen twijfelde. Begin januari 1962 reed Nanninga aangeschoten in zijn auto, na een bezoek aan 'zijn' café De Posthoorn in Den Haag, en botste met flinkegrote snelheid tegen een tram op het Scheldeplein, en overleed.<br> Een tentoonstelling van werkenzijn van Jaap Nanningawerk vond na zijn dood al snel plaats in [[Museum Boijmans Van Beuningen]] te Rotterdam van 14-12 1962 tot 27-01 1963, en vervolgens in het [[Gemeentemuseum Den Haag]] van 12-02 tot 24-03 1963; zijn werkschilderkunst wordt gerekend tot de kunststromingstroming de [[Nieuwe Haagse School (beeldende kunst)|Nieuwe Haagse School]].<ref name="Erik Slagter" />
