Op 7 december 2002 werden twee schilderijen van Van Gogh uit het museum gestolen. Het ging om ''Uitgaan[[Het uitgaan van de Hervormde Kerk te Nuenen]]'' uit 1884 en ''[[Zeegezicht bij Scheveningen]]'' uit 1882. De twee dieven gebruikten een ladder om op het dak te klimmen.<ref>{{en}}[https://web.archive.org/web/20160106112612/http://www.fbi.gov/about-us/investigate/vc_majorthefts/arttheft/vangogh Van Gogh Museum Robbery]</ref> In december 2003 werden de daders veroordeeld maar waren de schilderijen nog niet teruggevonden. Pas in 2016, 14 jaar na de diefstal, werden de doeken in Italië teruggevonden.<ref>[http://www.volkskrant.nl/beeldende-kunst/twee-gestolen-schilderijen-van-gogh-na-veertien-jaar-teruggevonden~a4386710/ Twee gestolen schilderijen Van Gogh na veertien jaar teruggevonden]</ref> De doeken bleken in het bezit te zijn van de Napolitaanse [[maffia]] en waren verstopt in een huis bij [[Pompeï]]. Op 19 januari 2017 besloot de rechtbank te Napels de gestolen werken terug naar het Van Gogh Museum te sturen.<ref>[http://digitaleeditie.nrc.nl/digitaleeditie/NH/2017/0/20170120___/NH-6298752/article_text.html Beslag opgeheven Van Gogh Museum krijgt schilderijen terug die veertien jaar geleden waren gestolen]</ref>
Vanaf 22 maart 2017 zijn de twee werken weer te zien in het museum.<ref>[http://nos.nl/artikel/2164263-twee-gestolen-schilderijen-weer-terug-in-van-gogh-museum.html Twee gestolen schilderijen weer terug in Van Gogh Museum]</ref>
<center><gallery>
Bestand:Van Gogh - Strand von Scheveningen bei stürmischen Wetter.jpeg|''[[Zeegezicht bij Scheveningen]]'', 1882
Bestand:Van Gogh - Die Kirche von Nuenen mit Kirchgängern.jpeg|''Uitgaan[[Het uitgaan van de Hervormde Kerk te [[Nuenen]]'', 1884
