De ILT-IOD kent een duale aansturing: Hethet Ministerie van Infrastructuur en Waterstaat bepaalt de prioriteiten op de inhoudelijke beleidsterreinen, terwijl het [[openbaar ministerie]] de prioriteiten binnen die beleidsterreinen selecteert en het strafrechtelijk onderzoek aanstuurt. De onderzoeken zijn gericht op personen en bedrijven die de regelgeving op het gebied van milieu, transport en woningcorporaties stelselmatig en op een ernstige manier overtreden. De ILT-IOD onderzoekt ook hoeveel geld verdachten hebben verdiend met criminele activiteiten zodat deze winst kan worden afgepakt. Daarnaast wordt onderzoek gedaan naar zogeheten facilitators die hun diensten verlenen aan criminelen. Ook de aanpak van integriteitschendingen en het bevorderen van de veiligheidscultuur met betrekking tot veiligheidsrisico’s op het gebied van milieu hebben de aandacht.
De ILT-IOD legt de prioriteit in strafrechtelijke onderzoeken op een aantal hoofdonderwerpen:
