De Hongaarse vorst [[Stefanus Báthory]], de eerste van Transsylvanië, behield de religieuze vrijheid zoals vastgelegd in het [[Edict van ToerdaTorda]], maar hij interpreteerde deze verplichting in een steeds engere zin. Aan het einde van de regeerperiode van de Báthorys nam [[Sigismund Báthory]] als vorst binnen het [[Heilige Roomse Rijk]] met het leger van Transsylvanië deel aan de [[Vijftienjarige Oorlog]]. Deze oorlog begon als een oorlog van christenen tegen de Turken, maar eindigde als een conflict tussen Transsylvanië, de Habsburgers, de Ottomanen en [[woiwode]] [[Michaël de Dappere]] van [[Vorstendom Walachije|Walachije]]. Het gevolg hiervan was dat het vorstendom rond [[1601]] opnieuw onder Habsburgse soevereiniteit, nu die van [[keizer Rudolf II]], stond die de [[contrareformatie]] steunde en de [[Rooms-Katholieke Kerk]] tot de staatskerk van het [[Habsburgse Rijk]] wilde maken. Dit voornemen werd afgebroken, althans wat Transsylvanië betreft, door de verkiezing, op [[5 april]] [[1603]] van [[István Bocskai]] als vorst van Transsylvanië. en twee maanden later ook als koning van Hongarije. István Bocskai leidde van [[1604]] tot [[1606]] een succesvolle opstand tegen de Habsburgers die leidde tot het [[Verdrag van Wenen (1606)|verdrag van Wenen]] in [[1606]]. Daarbij werd onder meer bepaald dat de edelen en burgers van Transsylvanie hun eigen vorsten mochten kiezen. Dit was politiek gezien echter voorlopig niet uit te voeren omdat de Kroaat [[Georg Keglevic]] - [[opperbevelhebber]], [[generaal]], vice-[[Ban (landvoogd)|ban]] van Kroatië, Slavonië en Dalmatië - in [[1602]] al tot [[Baron (titel)|baron]] van Transsylvanië was uitgeroepen.
