De Mega Top 50 startte in januari 1993 als voortzetting van de [[Nationale Hitparade|Nationale Top 100]]. Vanaf zondag 7 februari 1993 tmt/m september 1993 zond de TROS de hitlijst uit op Radio 3 tussen 15.00 en 19.00 uur met [[Daniël Dekker]] en [[Martijn Krabbé]]. Door een ontstaan conflict met Veronica en de Stichting Mega Top 50 over de uitzendrechten, stopte de TROS met de uitzending op de zondagmiddag en werd de hitlijst vanaf begin oktober t/m eind december 1993 op de vrijdagmiddag uitgezonden tussen 14:00 en 18:00 uur, nu als onderdeel van de programma's van [[Carola Hamer]] van de [[VARA]] en [[The Magic Friends]] van de [[NCRV]]. Vanaf zaterdag 1 januari 1994 nam [[Gijs Staverman]] namens Veronica en in samenwerking met [[TROS]] Radio 3 en [[Daniël Dekker]] als eind redacteur, de presentatie van de hitlijst op zich, nu op de zaterdagmiddag tussen 14:00 en 17:00 uur. Gijs Staverman presenteerde de hitlijst niet alleen op Radio 3, maar ook op Nederland 2. Veronica wilde in februari 1993 de lijst al gaan uitzenden op Radio 3, maar was gebonden aan een contract met de Stichting Nederlandse Top 40 waarin stond dat zij de Top 40 moest blijven uitzenden tot en met eind december 1993. Nadat Veronica op vrijdag 1 september 1995 het publieke omroepbestel verliet en commercieel ging, kwam de lijst vanaf zaterdag 2 september 1995 weer bij de TROS terecht. [[Daniël Dekker]] presenteerde de hitparade vanaf deze nieuwe uitzenddag van de TROS (''de zinderende zaterdag'') nog een korte tijd met [[Thorvald de Geus]], daarna met [[Edwin Diergaarde]]. Vanaf mei 2003 werd de lijst voor 3FM verkort tot de Mega Top 50. Deze lijst bevatte tot 1 mei 2004 dezelfde noteringen als de bovenste 50 van de Mega Top 100. In mei 2004 werden er airplaygegevens toegevoegd aan de bestaande Mega Top 50. De Mega Top 100 moest zijn naam wijzigen (in het begin B2B Top 100, daarna [[Single Top 100]]).
