In 2006 won ZonMw de [[Meester Kackadorisprijs]] van de [[Vereniging tegen de Kwakzalverij]] omdat de organisatie geld beschikbaar heeft gesteld (€ 190.000) om vijf acupuncturisten, vijf homeopaten en vijf natuurartsen de stoomcursus wetenschappelijk onderzoeker te laten volgen op het onderzoeksinstituut EMGO van de [[Vrije Universiteit Amsterdam]].
In 2014 was er opnieuw kritiek, deze keer naar aanleiding van het rapport van ZonMWZonMw: "''Signalement Ontwikkeling en implementatie van evidence-based complementaire zorg''", waarin ZonMw aangeeft dat opnieuw moet worden geïnvesteerd in onderzoek naar alternatieve geneeswijzen ('complementaire zorg').<ref>[http://www.zonmw.nl/uploads/tx_vipublicaties/defsignalement0703.pdf Signalement Ontwikkeling en implementatie van evidence-based complementaire zorg] ZonMw, maart 2014</ref><ref>[http://www.trouw.nl/tr/nl/4516/Gezondheid/article/detail/3631561/2014/04/09/Arts-moet-alternatieve-geneeskunde-benutten.dhtml Arts moet alternatieve geneeskunde benutten] Trouw, 9 april 2014</ref><ref>[http://www.kwakzalverij.nl/1650/ZonMw_houdt_nog_steeds_van_alternatieve_geneeskunde ZonMw houdt nog steeds van alternatieve geneeskunde] Vereniging tegen de Kwakzalverij, 9 april 2014</ref><ref>[http://kloptdatwel.nl/2014/04/12/niets-nieuws-onder-de-zonmw/ Niets nieuws onder de ZonMw] Klopt dat wel?, 12 april 2014</ref> Mede naar aanleiding daarvan werd voorzitter [[Pauline Meurs]] in dat jaar de [[Meester Kackadorisprijs]] van de [[Vereniging tegen de Kwakzalverij]] toegekend.<ref>[http://www.trouw.nl/tr/nl/4516/Gezondheid/article/detail/3761384/2014/10/03/Kwakzalversprijs-naar-hoogleraar-Pauline-Meurs.dhtml Kwakzalversprijs naar hoogleraar Pauline Meurs] [[Trouw (krant)|Trouw]], 3 oktober 2014</ref>
== Miljoenenfraude door subsidiebeoordelingscommissie==
