Licht- en middelradioactief afval, wat 99% van kernafval inhet volume vertegenwoordigdvan kernafval vertegenwoordigt, <ref>{{Citeer web |url=https://www.niras.be/soorten-radioactief-afval|titel=Soorten afval|auteur=NIRAS|uitgever=NIRAS|datum=|bezochtdatum=23 februari 2017}}</ref> wordt op de site zelf verwerkt in het water- en afvalbehandelingsgebouw (WAB). Afval van categorie A met halflevenshalfwaardetijd korter dan 30 jaar worden afgevoerd naar [[Belgoprocess]] in [[Dessel]] voor oppervlakteberging.<ref>{{Citeer web |url=http://www.niras-cat.be/nl/getpage.php?i=10|titel=cAt project|auteur=NIRAS|uitgever=NIRAS|datum=|bezochtdatum=23 februari 2017}}</ref>
Hoogradioactief afval, namelijk de brandstof, werd oorspronkelijk gerecycleerd tot [[MOX-brandstof]], deze brandstof werd opnieuw gebruikt in Doel 3. In 1993 plaatste de regering ineen moratorium op nieuwe opwerkingscontracten om andere methodes te onderzoeken. Tot op heden is hieromtrent nog geen beslissing gevallen. <ref>{{Citeer web |url=http://economie.fgov.be/nl/ondernemingen/energie/nucleaire/beheer_verbruikte_brandstof/historique-gestion-combustibles-irradies-Belgique/|titel=Moratorium|auteur=FOD Economie|uitgever=fgov|datum=|bezochtdatum=23 februari 2017}}</ref> In afwachting wordt de gebruikte brandstof opgeslagen [[Castor (nucleaire techniek)|droge opslagcontainers]] op de site. De [[Eindopslag|eindopslag]] van het afval wordt verder onderzocht en gedemonstreerd in een ondergronds labo 225m onder de grond in de Boomse kleilaag.<ref>{{Citeer web |url=https://www.sckcen.be/nl/Research/Infrastructure/HADES|titel=HADES|auteur=SCK|uitgever=SCK|datum=|bezochtdatum=23 februari 2017}}</ref> Ook [[Transmutatie (kernfysica)|transmutatie]] van het afval wordt onderzocht met het [[MYRRHA]] project.
In oktober 2013 trok [[Nationale Instelling voor Radioactief Afval en verrijkte Splijtstoffen|NIRAS]] de vergunning om twee soorten afval, namelijk concentraten en harsen, te conditioneren in. Dit nadat schuimvorming op enkele vaten was aangetroffen door een alkali-silica reactie die zich kan voordoen bij bepaalde mengsels. Ondertussen is de procedure gestart om het procedé dat gebruikt wordt in Tihange ook te vergunnen in Doel. Dit proces kan twee jaar in beslag nemen, in de tussentijd wordt er geen afval meer afgevoerd naar Dessel.<ref>{{Citeer web |url=http://corporate.engie-electrabel.be/wp-content/uploads/2016/03/doelbewust_86.pdf|titel=Doelbewust|auteur=Engie Electrabel|uitgever=Electrabel|datum=maart 2014|bezochtdatum=25 februari 2017}}</ref>
