[[Bestand:Soeren kierkegaard royal library.jpg|thumb|Søren Kierkegaard door [[P.C. Klæstrup]] ca. 1845.]]
De periode 1842-1846 wordt als Kierkegaards filosofische doorbraak gezien. In 1841 was hij naar [[Berlijn]] getrokken om colleges te volgen (onder andere bij de beroemde filosoof [[Friedrich von Schelling]], die hem echter volledig teleurstelde) en een nieuw leven te beginnen, ver weg van het toen kleinsteedse Kopenhagen. Men bedenke dat het verbreken van een verloving destijds gold als een echtscheiding; in Kopenhagen was het een schande. In Berlijn vonden de voorbereidingen plaats voor een van zijn bekendste werken: ''[[Enten-Eller]]'' ("Of-of"). Dit werk, dat verschillende delen bevat die onder meerdere [[pseudoniem]]en zijn geschreven, voltooide hij in 1842, terug in Kopenhagen. In snel tempo volgden andere geschriften die later bekend zijn geworden, zoals ''[[Vrees en beven]]'', ''Stadia op de levensweg'', ''Filosofische kruimels'' en ''Afsluitend onwetenschappelijk naschrift''. De pseudonimiteit en het uitdagende karakter van zijn publicaties maakten hem tot een controversiële persoonlijkheid. In 1845 loofde het plaatselijke satirische tijdschrift ''Corsaren'' ("De Vrijbuiter") het werk van Kierkegaard (het gaat om de verdiensten van Victor Eremita, de pseudonieme uitgever van ''Enten-Eller'' in vergelijking met werk van anderen) in een recensie; Kierkegaard zelf was daar echter niet van gediend. Hij was toen zelf nog bezig met het ''Onwetenschappelijk naschrift'', maar in 1846 nam hij de pen op en bond zelf onder pseudoniem de strijd aan met Corsaren. Het blad viel voor hem samen met de figuur P.L. Möller. Om deze figuur ging het Kierkegaard dan ook; uiteindelijk 'kreeg' hij hem. Aan het eind van de affaire kon Kierkegaard zich niet meer op straat vertonen zonder uitgejouwd te worden. P.L. Möller was, zoals een tijdgenoot (de bevriende uitgever van Corsaren, Goldschmidt) het zei, vernietigd.
Na 1846 ging Kierkegaard zich meer op stichtelijk-[[christelijke filosofie]] toeleggen. Hij stelde de in zijn ogen [[wereld (christendom)|verwereldlijkte]] Deense [[staatskerk]] aan de kaak (waarbij hij onder andere in conflict raakte met zijn oudere broer, de theoloog [[Peter Kierkegaard]]). Ook kwam hij met levenslessen in boeken als ''Daden van naastenliefde'', ''Oefening in christendom'' en ''De ziekte tot de dood'', maar tevens in zijn vele dagboeknotities, die postuum zijn uitgegeven.
