Noriega werd op 11 februari 19381934 in Panama City geboren. Zijn familie was van Colombiaanse afkomst. Hij was een soldaat die veel van zijn opleiding kreeg op de militaire school van Chorrillos in Lima, Peru. Hij werd in opdracht van de Panama National Guard in 1967 en bevorderd tot luitenant in 1968. In een machtsstrijd die daarop volgde, inclusief een mislukte staatspoging in 1969, steunde Noriega [[Omar Torrijos]]. Hij maakte promotie tot luitenant-kolonel en werd aangesteld als hoofd van de militaire intelligentie door Torrijos. Noriega beweert dat hij, na de instructies van Torrijos, een amnestie heeft onderhandeld voor ongeveer 400 verslaafde guerrilla-vechters, waardoor ze terug konden komen uit ballingschap in Honduras en Costa Rica.
Torrijos stierf op 31 juli 1981 in een vliegtuigongeluk. Kolonel Roberto Díaz Herrera, een voormalige medewerker van Noriega, beweerde dat de werkelijke oorzaak van het ongeval een bom was en dat Noriega achter het incident was.
