Maria overleed op 25-jarige leeftijd aan de gevolgen van een val van haar paard in de uitgestrekte wouden van het [[kasteel van Wijnendale]] nabij [[Torhout]], tijdens een valkenjachtreigerjacht die georganiseerd was door [[Adolf van Kleef]], beginop 6 maart 1482. Deze valkenjachtjacht had eerder op de dag aangevangen bij de Kruispoort te Brugge, onder begeleiding van de heren [[Gruuthuse]],[[Filips van Kleef]] en meerdere ridders van het Bourgondisch Hof. Als ruiter had zij haar valk in één hand vast. Haar paard struikelde echter over een boomstronk bij het springen over een nieuw gegraven gracht, de buikriem brak, waardoor Maria uit het zadel vlel en zein kwamde ondergracht terechtkwam, maar waarbij het paard boven op haar terecht kwam. Ze werd ernstig gewond en later overgebracht naar het Prinsenhof, haar paleis in Brugge. Toen haar toestand verergerde, stelde ze haar testament op en riep ze de leden van het Gulden Vlies bijeen om afscheid van hen te nemen. Er werd nog een speciale processie met de reliek van het [[Heilig Bloed]] door de stad rondgedragen. Ze overleed in het Prinsenhof te Brugge, meerdere weken na de noodlottige val, op 27 maart 1482 in de namiddag. Haar vierjarige zoontje Filips volgde haar op, onder het regentschap van zijn vader Maximiliaan. Zij werd begraven op 3 april 1482 in de [[Onze-Lieve-Vrouwekerk (Brugge)|Onze-Lieve-Vrouwekerk te Brugge]], waar haar grafmonument zich bevindt, vlak naast het praalgraf van haar vader [[Karel de Stoute]], dat er later werd bijgezet. In [[1793]] werd haar graf geschonden door Franse revolutionairen. Tijdens archeologisch onderzoek in 1979 werd haar stoffelijk overschot geïdentificeerd. Zij bleek oa. gebroken polsen en ribben te hebben. Men vermoedt dat zij is overleden aan interne bloedingen en verwondingen. Sommige bronnen vermelden dat zij zou zwanger geweest zijn van haar vierde kind.
Na haar dood werden meerdere kapelletjes ter ere van de vorstin opgericht overal in Vlaanderen. In de 19de eeuw is een document opgesteld dat zou verwijzen naar de plaats van haar val te St.Pieters-op-de-dijk, in de richting van de Noordzee, waar destijds ook dergelijk soort kapelletje er ere van Maria van Bourgondië was opgericht. Echter, de eerdere historische bronnen uit de 15de eeuw, die ten tijde van Maria's overlijden zijn geschreven door de geschiedschrijvers aangeduid door de vorsten, verwijzen allemaalnaar Brugge als de plaats waar de jachtgroep was gestart en naar het woud van Wijnendale als de plaats waar het accident heeft plaatsgehad,. enDeze bronnen kunnen dus als meer betrouwbaar worden beschouwd, tegenover een document dat slechts 4 eeuwen later werd geschreven...
Na haar dood zou [[keizer Maximiliaan I|Maximiliaan]] het zeer nadelige vredesverdrag dat Maria had gesloten met de Franse koning betwisten, maar kreeg hierdoor te kampen met voortdurend [[Vlaamse Opstand tegen Maximiliaan|verzet]] van de Vlaamse steden. In Vlaanderen was men reeds blij verlost te zijn vanonder de Franse leenheerschappij en men ervoer oorlog als een aanslag op hun welvarende economie. Deze was gevoelig voor oorlogen, vanwege de import van grondstoffen.
