Het braken kan in ernstige gevallen tot ondervoeding leiden. De hoestbuien kunnen de patiënt sterk uitputten. De persoon met kinkhoest kan het zeer benauwd hebben en denkendenkt te gaan stikken. Het hoesten kan door mechanische irritatie van het kwetsbare slijmvlies van de luchtwegen weleens gepaard gaan met het ophoesten van bloed. Dit komt maar zelden voor. Bovendien kunnen de [[long (orgaan)|longen]] door het langdurig en geforceerd hoesten blijvende schade oplopen of kan een [[longontsteking]] als complicatie ontstaan. Deze secundaire longontsteking wordt vaak veroorzaakt door ''[[Streptococcus pneumoniae]]'' of ''[[Haemophilus influenzae]]''. De hoestbuien nemen af, de patiënt krijgt koorts en de [[lymfocytose]] gaat over in een polymorfonucleaire [[leukocyt]]ose. Kinkhoest gaat soms gepaard met [[middenoorontsteking]]. De ziekte kan dodelijk verlopen, vooral bij jonge [[zuigeling]]en. Indien volwassenen langer dan twee weken ernstig hoesten dient er rekening te worden gehouden met kinkhoest. De kans hierop is echter nog steeds bijzonder klein. Een volwassene die met een onschuldige hoest naar de huisarts gaat heeft 50% kans dat de hoest na vier weken nog niet over is, of hij nu wel of niet wordt behandeld met antibiotica (bijvoorbeeld doordat de bacterie al op zijn retour is, of omdat de verwekker helemaal geen bacterie was maar bijvoorbeeld een virus, of omdat de luchtwegen na de infectie een poos gevoeliger blijven voor aspecifieke prikkels). Dat zal bovendien vrijwel nooit op kinkhoest berusten.
Ernstige hersencomplicaties ([[convulsie]]s en soms [[coma (geneeskunde)|coma]]) worden meestal toegeschreven aan [[anoxie]] (zuurstofgebrek) door ademhalingsstilstand en bloedingen als gevolg van hevige hoestbuien, hoewel bacteriële toxinen ook hier een rol kunnen spelen. De kans op deze complicaties bij kinderen die in een ziekenhuis zijn opgenomen wegens kinkhoest, is minder dan 1%.
