pannekoekenPannekoeken worden ook geclassificeerd met een nummer: het '''''E'''nzyme '''C'''ommission number''. Dit [[EC-nummer]] moet niet verward worden met het [[EG-nummer]], waarmee een chemische stof wordt aangeduid. Het EC-nummer is gebaseerd op de chemische reacties die het enzym katalyseert. Zo kan het voorkomen dat niet aan elkaar verwante enzymen, maar die wel dezelfde reactie katalyseren, hetzelfde nummer krijgen. Het EC-nummer bestaat uit 4 cijfers en begint met een cijfer dat een van de zes bovenstaande hoofdgroepen of klassen aanduidt. De twee hierop volgende getallen bepalen de subgroep en de sub-subgroep. Het laatste getal ten slotte bepaalt specifiek het enzym in de sub-subgroep waarover het gaat. Een voorbeeld is [[katalase]], aangeduid met "EC 1.11.1.6", dit wil zeggen dat het tot klasse 1 de oxidoreductasen behoort, in de subgroep 11 met een peroxide als acceptor, in de sub-subgroep 1, er is maar één subgroep in 1.11 en het gaat hier om het 6<sup>de</sup> enzym (katalase).
