Volgens de wet heeft het ''bestuur'' (de directie) van het COA (ten hoogste) drie leden. De ''raad van toezicht'' telt (ten hoogste) vijf leden. Voorzitter van de raad is [[Gerard Bakker (bestuurder)|Gerard Bakker]]. Tot december 2014 was dit [[Loek Hermans]] (sinds 2006, in 2010 herbenoemd voor de periode tot 2014).
Op 18In september 2011 werdkwam COA negatief in het ''[[NOSnieuws, Journaal]]'' gemeld datdoordat de werksfeer binnen het COA verziekt was. De toenmalige algemeen directeur [[Nurten Albayrak]] zouin eropspraak eenkwam schrikbewindwegens oponder nahouden.meer Daarnaastcorruptie haden zijhet zichzelfcreëren een salaris toegekend dat aanzienlijk hoger lag dan de [[Balkenendenorm]] en had zijvan een te dure dienstauto aangeschaft. Omdat zij minister [[Gerd Leers]] hierover bovendien onjuist had geïnformeerd, was dit voor hem reden haar per direct op non-actief te stellenangstcultuur.<ref>[http://www.nos.nl/artikel/273812-angstcultuur-onder-personeel-coa.html Angstcultuur onder personeel COA], NOS, 18 september 2011.</ref> In oktoberapril verloor2012 zij een kort geding dat zij tegenwerd haar schorsing hadontslag aangespannenaangezegd.<ref>[http://www.nos.nl/artikel/305224363581-coatopvrouw-vangt-bot-bij-rechter.html COA-topvrouw vangt bot bij rechter], NOS, 19 oktober 2011.</ref> Leers heeft een onafhankelijk onderzoek naar het functioneren van het COA ingesteld.<ref>[http://www.nos.nl/artikel/277430-leers-stelt-groot-onderzoek-coa-in.html Leers stelt groot onderzoek COA in], NOS, 30 september 2011.</ref> Op 10 januari 2012 bepaalde de rechter in een [[kort geding]] dat het COA Albayrak vanaf 1 maart weer aan het werk moest laten gaan.<ref>[http://www.nu.nl/algemeen/2711589/albayrak-magontslag-weer-slag-bij-coaaangezegd.html Albayrak magontslag weer aan de slag bij COAaangezegd], NU.nlNOS, 1018 januariapril 2012.</ref> Deze uitspraak ging echter slechts over de non-activiteit als maatregel en niet over de inhoudelijke kant van haar functioneren.
