Een derde punt van kritiek is de rol van de Katholieke Kerk bij de vluchtroute, de zogenaamde [[rattenlijn]], waarlangs vooraanstaande nazi’s zoals [[Adolf Eichmann]] en [[Josef Mengele]] naar [[Zuid-Amerika]] konden vluchten. Volgens het boek ''Persilscheine und falsche Pässe. Wie die Kirchen den nazi'sNazis halfen'' van Ernst Klee uit 1991 werden door [[Alois Hudal]], titulair bisschop en vertrouweling van Pius XII, [[paspoort]]en aan nazivluchtelingen verstrekt. Twee belangrijke recente studies laten zien dat Pius XII op de hoogte was van deze smokkel van oorlogsmisdadigers en dat deze paus na de oorlog ook [[interventie|intervenieerde]] ten gunste van serieuzeernstige oorlogsmisdadigers. In ''The Real Odessa. How Peron Brought the nazi War Criminals to Argentina'' (2002) wilde de journalist [[Uki Goñi]] de medeplichtigheid onderzoeken van zijn geboorteland [[Argentinië]], maar stuitte daarbij ook op documenten van het Britse ministerie van Buitenlandse Zaken over de betrokkenheid van het Vaticaan. Zo ontdekte Goñi dat de Britse zaakgelastigde [[D'Arcy Osborne]] namens zijn regering bij paus Pius XII hiertegen had [[protest|geprotesteerd]]. Ook ontdekte de Argentijnse journalist "that the Pope secretly pleaded with Washington and London on behalf of notorious criminals and Nazi collaborators".<ref>Goñi, nawoord van de herziene editie 2003, p. 327-348.</ref> Dit laatste punt treedt ook duidelijk naar voren in Suzanne Brown-Flemings ''The Holocaust and Catholic Conscience. Cardinal Aloisius Muench and the Guilt Question in Germany'' (2006). In deze studie laat Brown-Fleming zien hoe Pius XII het opnam voor tamelijk brute en grove oorlogsmisdadigers (bijvoorbeeld [[Otto Ohlendorf]]) en zelfs moest worden afgeremd in zijn ijver. Brown-Flemings belangrijkste bron is het archief van de vertegenwoordiger van Pius XII in naoorlogs Duitsland, [[Aloisius Joseph Muench|kardinaal Aloisius Muench]].<ref>Brown-Fleming, 2006, i.h.b. hoofdstuk 4: ''Granting Absolution. Muench and the Catholic Clemency Campaign''.</ref>
[[Michael Phayer]] stelt in ''The Catholic Church and the Holocaust, 1930-1965'' dat paus Pius XII door zijn anticommunistische houding en zijn langdurige verblijf in Duitsland het gevaar van het nationaalsocialisme onderschatte.
