Het afscheiden en karakteriseren van natuurproducten uit hun natuurlijke bron is in de regel geen gemakkelijke opgave. Dit heeft meerdere redenenoorzaken.<ref name="Cannell">{{en}} {{aut|R.J.P. Cannell}} (1998) – [http://catbull.com/alamut/Bibliothek/How_to_Approach_the_Isolation_of_a_Product.pdf ''How to Approach the Isolation of a Natural Product?''], Methods in Biotechnology, '''4''', pp. 1-51</ref> Ten eerste komen natuurproducten voor in [[Weefsel (biologie)|weefsels]] van organismen,; deze weefsels hebben een complexe [[Matrix (materiaalkunde)|matrix]] waaruit het natuurproduct moet afgescheiden moet worden. Bij [[eencellige]]n (algen en micro-organismen) is dit een relatief gemakkelijke taak, maar bij meercellige organismen met volledig [[Celdifferentiatie|gedifferentieerde]] weefsels is dit een stuk moeilijker. Ten tweede komen natuurproducten doorgaans slechts in slechts zeer kleine hoeveelheden voor,; typisch in [[parts per million|ppm-concentraties]]. Dit bemoeilijkt de detectie en de analyse van de componenten. Ten derde zijn natuurproducten vaak geassocieerd met andere (macro)moleculen, zoals eiwitten, [[Celmembraan|celmembranen]] of [[organel]]len, hetgeen de afscheiding eveneens moeilijk maakt. Het vergt een zekere kennis van de moleculaire interacties en het type natuurproduct om een efficiënte isolatie- en opzuiveringsprocedure op poten te zetten. Bij nieuwe natuurproducten gaat dit meestal gepaard met ''[[trial-and-error]]''.
