[[Bestand:JanXXIII.Grób.JPG|thumb|230px|right|De [[reliekhouder|reliekschrijn]] in de [[Sint-Pietersbasiliek]], met het opgebaarde lichaam van Johannes XXIII, die een [[camauro]] draagt]]
Paulus VI opende in [[1970]] het proces tot [[zaligverklaring]] van zijn voorganger. Op [[28 januari]][[2000]] erkende het Vaticaan het wonder dat aan paus Johannes XXIII werd toegeschreven. Het ging hierbij om een Italiaanse zuster, die genas van ernstige maagbloedingen, nadat zij een afbeelding van de overleden paus op haar buik had gelegd.<ref>{{en}}[http://articles.latimes.com/2000/jan/28/news/mn-58624 Pope John XXIII, U.S. Nun a Step Closer to Sainthood], [[Los Angeles Times]] [[28 januari]][[2000]]</ref> Op [[3 september]] van dat jaar volgde de officiële zaligverklaring door [[paus Johannes Paulus II]]. Tegelijkertijd werden - de door Johannes zeer bewonderde - [[paus Pius IX]] en drie anderen zalig verklaard. In zijn [[homilie]] benadrukte Johannes Paulus dat Johannes, met het uitroepen van het Concilie ''een seizoen van hoop voor christenen en de gehele mensheid'' had geopend.<ref>{{en}}[http://www.vatican.va/holy_father/john_paul_ii/homilies/2000/documents/hf_jp-ii_hom_20000903_beatification_en.html Homily of His Holiness John Paul II]</ref>
Na de zaligverklaring werd zijn stoffelijk overschot naar de boven de crypte liggende kerk overgebracht en rechts voorin geplaatst. Dit werd gedaan opdat bedevaarders de mogelijkheid zouden hebben om Johannes te vereren. Tot op de dag van vandaag leggen bedevaarders verse bloemen bij zijn reliekhouder en vereren zijn gedachtenis.
Johannes XXIII werd op 27 april 2014 [[heiligverklaring|heilig verklaard]] door [[paus Franciscus|Franciscus]], dit tegelijk met een van zijn opvolgers:, Johannes Paulus II, de paus die hem zalig verklaard had.<ref>[http://www.rkk.nl/actualiteit/2013/detail_objectID763122_FJaar2013.html Heiligverklaring beide pausen op 27 april]</ref>
