De [[abdij]] werd door [[Amandus van Gent]] of een van zijn volgelingen in de 7e eeuw gebouwd op een terrein dat ooit zou toebehoord hebben aan een Gallo-Romein, genaamd Blandinus. Amandus stichtte ook de andere abdij in Gent, de [[Sint-Baafsabdij]]. [[Karel de Grote]] liet de Sint-Pietersabdij heropbouwen in 811 en verleende haar eigendommen en macht.
De abdij was door haar rijkdom een aantrekkingspool voor belegeraars en ze werden beide door [[Karel de Grote]] betrokken in zijn verdedigingsgordel tegen de [[Vikingen]]. Deze invallers uit het noorden plunderden de abdij in de winter van [[879]]-[[880]].
De abdij met zijn gebouwen en afhankelijkheden zoals hoeven, tuinen, woningen en landerijen vormden een zogenaamd abdijdorp, het [[Sint-Pietersdorp]]. De abdij bezat over haar grenzen uitgestrekte domeinen waaronder Vlaamse en Zeeuwse schorrengebieden waarop schapen graasden. De inwoners van het abdijdorp dreven handel in wol waarbij ze gebruik maakten van de privileges die de abdij had bedwongen. Gent werd zo in de 11e eeuw een internationaal centrum van wol- en [[lakenindustrie|lakenhandel]]. Beide abdijen bezaten alle stadsgronden binnen de portus waarvoor de eigenaren jaarlijks belastingen moesten betalen.
Pas veel later breidde de stad Gent zodanig uit dat de abdij door haar werd opgeslorpt. De eerste [[abt (abdij)|abt]] was [[Florbertus van Gent]], die door Amandus vanuit de [[abdij van Elnone]] naar Gent geroepen werd.
De eerste vijf [[Lijst van graven van Vlaanderen|graven van Vlaanderen]] (overleden tussen 879 en 1035) werden op de terreinen van de abdij begraven. Ook [[Godfried van Verdun]] vond hier zijn laatste rustplaats. Tijden van voorspoed waren de 14e en 15e eeuw. In [[1566]] kreeg de abdij zwaar te lijden van de [[Beeldenstorm]]. De Vlaamse dichter [[Cornelis Columbanus Vrancx]] werd in 1597 abt van de abdij. Haar huidig uitzicht heeft de abdij van de restauraties in de 17e en 18e eeuw.
Op [[1 november]] [[1796]] werden de laatste [[monnik]]en verdreven. De gebouwen werden ingericht als kazerne. Later, tot [[1948]] deden ze dienst als gevangenis. Nu dienen ze als tentoonstellingsruimtes en krijgen bezoekers de mogelijkheid om met ''Alison'', een virtuele monnik, de abdij te bezoeken.
Op de helling naar de Schelde toe verbouwden de paters witte wijndruiven. [[Napoleon Bonaparte]] beëindigde die traditie. Nu ([[2008]]) groeien er opnieuw wijnranken op de zuidelijke helling.
