In het seizoen 1993/1994 werd de beste prestatie op het hoogste niveau ooit herhaald door als 6e in de eindrangschikking van de Premier League te eindigen.
Op de laatste speeldag van het seizoen 1999-/2000 verloor de club tegen [[Southampton FC]] terwijl concurrent [[Bradford City FC|Bradford City]] verrassend won van Liverpool, waardoor Wimbledon na 14 seizoenen op het hoogste niveau degradeerde.
===Teloorgang===
In [[2002]] kreeg de club toestemming om zich 70ruim 100 km noordwaarts te verplaatsen, naar [[Milton Keynes]], de club deed dat omdat ze te weinig fans zouden hebben in Londen waar vele clubs actief zijn. Deze zetverhuizing werd niet op prijs gesteld door de trouwe supporters en zij antwoordden door een nieuwe club op te richten, [[AFC Wimbledon]]. De daadwerkelijke verhuizing vond eind 2003 plaats, in de tussenliggende periode speelde Wimbledon FC voor een nagenoeg leeg Selhurst Park omdat de fans naar AFC Wimbledon gingen.
SeizoenHet seizoen na de verhuizing, 2003-/2004, was desastreus voor de club,. Sportief ging het slecht en na de verhuizing steeg het toeschouwersaantal slechtsniet eennaar beetjeverwachting. De club verloor 33 wedstrijden in één seizoen en degradeerde. Enkel [[Doncaster Rovers]] deed het ooit slechter met 34 nederlagen. Om de binding met de inwoners van Milton Keynes te vergroten werd aan het eind van het seizoen de naam veranderd in MK[[Milton Keynes Dons FC]]. Er werden nieuwe clubkleuren en een nieuw logo gelanceerd.
AFC Wimbledon wordt echter beschouwd als de opvolger van Wimbledon FC. AFC speelt momenteel in de [[Football League Two]] in [[Kingston-upon-Thames]]. Er zijn echter plannen om terug te keren naar de roots, in de Londense wijk [[Wimbledon]].
In de zomer van 2004 werd er een herstart gemaakt onder de nieuwe naam [[Milton Keynes Dons FC]] en er werden nieuwe clubkleuren gelanceerd. Dit was tegen het zere been van veel oude supporters die daarop [[AFC Wimbledon]] oprichtten. Deze club wordt inmiddels algemeen beschouwd als de opvolger van Wimbledon FC. AFC speelt momenteel in de [[Football League Two]].
