De Houtman was een zoon van de [[Brouwerij|bierbrouwer]] en kapitein van de plaatselijkenplaatselijke [[schutterij (historisch)|schutterij]] Pieter Cornelisz. Houtman, die in 1573 lid van de Goudse [[vroedschap]] werd. Hij is vernoemd naar zijn grootvader van moeders kant. Zijn moeder heette Agniesje Fredriksdr.<ref name="gw1.geneanet.org">Gomes, Rob; [http://gw1.geneanet.org/gomesbr?lang=nl;p=frederik+pietersz;n=houtman Genealogische fragmenten Alkmaar. Gegevens van personen in en uit Alkmaar en van families die daar van betekenis zijn geweest.] geneanet.nl</ref> De grootvader van vaders kant was een houthandelaar.<ref>Dam, M.J. van (1998) [http://documenten.goudanet.nl/Schatkamer/Schatkamer%201998/1998%20Houtman.pdf Cornelis en Frederick de Houtman van Gouda, pioniers van de vaart op Oost-Indië], blz. 68</ref>
Frederik werd op 28 april 1590 als Frederick Pietersz van der Goude ingeschreven als [[poorter]] van Alkmaar, waar hij in de leer ging bij de houthandelaar Comelis Nanninxs.<ref name="Dam, M.J. van 1998, blz. 86">Dam, M.J. van (1998), blz. 86</ref>
