Rond die tijd ontmoette hij zijn tweede vrouw, Inna. Deze werkte als expert in de valutahandel bij de bank. In 1991 kregen ze een dochtertje, Nastya.
In 1992 besloot de directie van de bank tot de vorming van een industriële groep, endie startte met de financiering en de aankoop van aandelen in verschillende industrietakken. In 1995 besloot de overheid, als deel van een ''lening-voor-aandelen'' beleid, tot de verkoop van een groot deel van haar nationale oliebedrijf, [[Yukos]]. Op dat moment was Yukos een bedrijf dat verlies draaide en een enorme schuld had. Ook werd het geplaagd door [[staking]]en als gevolg van zes maanden achterstand in salarisuitbetalingen aan de werknemers. De Menatep Bank zou de enige bank zijn geweest die geïnteresseerd was in het bedrijf; deze kreeg voor een lening van 350 miljoen dollar aan de Russische staat 78 procent van de aandelen van Yukos in handen.<ref>[http://www.khodorkovsky.com/biography/yukos/ Yukos], biografie op ''Khodorkovsky.com''. <small>Geraadpleegd 10 augustus 2013</small></ref>
Op dat moment was Yukos een bedrijf dat verlies draaide en een enorme schuld had. Ook werd het geplaagd door [[staking]]en als gevolg van en 6 maanden achterstand in salarisuitbetalingen aan haar werknemers. De Menatep Bank zou de enige bank zijn geweest die geïnteresseerd was in het bedrijf en kreeg voor een lening van 350 miljoen dollar aan de Russische staat 78 procent van de aandelen van Yukos in handen.<ref>[http://www.khodorkovsky.com/biography/yukos/ Yukos], biografie op ''Khodorkovsky.com''. <small>Geraadpleegd 10 augustus 2013</small></ref>
== Rechtszaak en gevangenisstraf ==
Op 25 oktober 2003 werd hijChodorkovski gearresteerd op verdenking belastingontduiking, fraude en verduistering. Ten tijde van zijn arrestatie en in de aanloop naar de [[Russische presidentsverkiezingen 2004|Russische parlementsverkiezingen die op 14 maart 2004]] zouden plaatsvinden, gaf Chodorkovski financiële steun aan verschillende Russische liberaal-democratische partijen.
Op 31 mei 2005 werd hij veroordeeld tot 9 jaar gevangenisstraf wegens belastingontduiking en fraude. Veelal wordt aangenomen dat de rechtszaak tegen de oliemaatschappij Yukos en tegen hem persoonlijk door president [[Vladimir Poetin|Poetin]] op touw is gezet vanwege de politieke aspiraties van Chodorkovski. Ook werd zijn bedrijf systematisch kaalgeplukt (het kroonjuweel Yukosneftegaz werd verkocht om achterstallige belastingen te voldoen).
