Het [[Schouwerzijlvest]] is waarschijnlijk ergens in de loop van de 13e en 14e eeuw gevormd tot een afwateringseenheid in het oostelijk deel van [[De Marne]] en het westelijk deel van het [[Halfambt]]. Uit 1371 dateert een zijlbrief, wat er mogelijk op wijst dat de vroegere houten zijl in die tijd is gebouwd. Er was toen echter nog geen sprake van een zijlvest. Rondom de zijl werden in de loop der eeuwen een aantal huizen gebouwd. In 1616 is sprake van een [[standerdmolen]] bij het dorp
Nadat het voorland van de [[Houwerzijl]] steeds verder obslibdeopslibde was het [[Houwerzijlvest]] min of meer gedwongen om vanaf 1717 ook gebruik te maken van de Schouwerzijl voor het grootste deel van haar afwatering, zodat de invloed van het zijlvest groeide. Tussen 1847 en 1853 werden verder ook overeenkomsten gesloten over de buitendijkse gebieden tussen [[Hornhuizen]] en [[Westernieland]]. In de jaren 1840 moet de haven zijn aangelegd, althans in 1842 wordt in een document gesproken over een aan te leggen haven buiten de zijl en het [[havengeld]] wat daarvoor betaald moest worden. In 1849 werd de houten zijl vervangen door een stenen zijl. Twee jaar later werd een waarhuis ([[sashuis|zijlhuis]]) gebouwd naast de zijl, waar het zijlvest gedurende vijf jaar zitting hield; toen werd het zijlvest met een aantal andere zijlvesten samengevoegd tot het waterschap [[Hunsingo (waterschap)|Hunsingo]] en werd het wapen daarvan in de gevel geplaatst. In 1918 is de zijl vernieuwd (in elk geval de sluisdeuren) getuige een gedenksteen in de sluis. De sluis bestaat nog steeds, maar heeft tegenwoordig geen functie meer. Het zijlhuis werd later aangemerkt als rijksmonument. Het huis heeft een opvallende [[Gek (schoorsteen)|gek]] op de schoorsteen: een witte [[paling]], hoewel veel mensen er een slang in zien.
