In 1884 werd Nienoord eigendom van Jonkheer mr. [[Johan Æmilius Abraham van Panhuys]] (18391836-1907), die de borg in 1884 door de Groninger architect [[Jan Maris|J. Maris]] liet herbouwen als villa in [[art nouveau]] en [[neoclassicisme|neoclassicistische stijl]]. Het nieuwe landhuis was wel fors kleiner dan de oude borg. Alleen de toegangspoort uit [[1708]] herinnert nog aan de vroegere glorie. Het gebruikte ontwerp voor de villa is ook gebruikt voor Klein Nienoord (1896(?), in 1907 hernoemd tot Huize de Hulst, in 1936 verbouwd tot het huidige gemeentehuis van Leek) en voor het huis dat van Panhuys liet bouwen voor zichzelf aan het Hereplein in de stad Groningen ([[Gerhard Schnitger]], 1881).
Op [[6 november]] [[1907]] raakte de koets waarin de familie Van Panhuys zat te water. Johan van Panhuys, zijn echtgenote, hun zoon Hobbe en hun schoondochter Elske waren onderweg naar Groningen, zij verdronken allen in het [[Hoendiep]] bij [[Hoogkerk]]. Ook hun koetsier Meindert Van Wijk verdronk.
