In [[1999]] verslechterde zijn gezondheid. Hij besloot daarom in [[2000]] uit Endemol (dat inmiddelstoen isin gekochthanden was door het [[Spanje|Spaanse]] [[Telefonica]]) te stappen. Hij verkocht zijn belang van 26% en richtte zich voortaan volledig op het produceren van grote musicals in Nederland, [[Duitsland]], Spanje, [[Groot-Brittannië]], Frankrijk, [[Rusland]] en de [[Verenigde Staten]]. Met zijn bedrijf "Joop van den Ende Theaterproducties" produceerde hij onder meer de musicals ''[[The Wiz (Joop van den Ende)|The Wiz]]'', ''[[The Lion King (musical)|The Lion King]]'', [[Tarzan]], [[Ciske de Rat (musical)|Ciske de Rat]], [[Dirty Dancing]], [[Evita (musical)|Evita]], [[Petticoat (musical)|Petticoat]], [[High School Musical live in het theater|High School Musical]], [[Mary Poppins (musical)|Mary Poppins]], The Little Mermaid en [[Wicked (musical)|Wicked]] maar nu ook [[Hij Gelooft in Mij (musical)|Hij Gelooft in Mij]], [[Aspects of Love (musical) |Aspects of Love]], [[Love Story (musical)|Love Story]], en [[Sister Act (musical)|Sister Act]].
Joop van den Ende Theaterproducties is onderdeel van Stage Entertainment, zie onder.