De vaakst voorkomende bijwerkingen zijn slaperigheid ([[sedatie]]) en extrapiramidale symptomen (bewegingsstoornissen). Vooral bij kinderen en adolecenten dient men hierdoor het gebruik zoveel mogelijk te vermijden. Andere bijwerkingen zijn eerder zeldzaam en meestal van voorbijgaande aard zoals diarree, krampen en verwardheid. Verder kunnen er ook meer ernstige bijwerkingen optreden maar dan vooral bij het langdurig gebruik van hoge dosissen. Hyperprolactinemie en anafylactische reacties zijn mogelijk.
De versnelde maaglediging en het anticholinerge effect kan de opname en de werking van andere geneesmiddelen beinvloeden. Met name dopamine-agonisten (levodopa) en gastroprokinetica zien hun werkzaamheid aanzienlijk verlagen door het gelijktijdig gebruik van metoclopramide. Bepaalde middelen, als bv aspirine of paracetamol, worden sneller door het lichaam opgenomen.
De bijwerkingen en het sederend effect van antipsychotica en narcotische analgetica kunnen versterkt worden door metoclopramide.
