Het kanaal heeft veel vervuild [[slib]]. Bij [[Overberg (NederlandUtrechtse Heuvelrug)|Overberg]] vonden in 2004 baggerwerkzaamheden plaats om dit probleem op te lossen. De oorzaak van het verontreinigde slib moet onder meer gezocht worden in het feit dat nabij het geïndustrialseerde Veenendaal, via het riool ongezuiverd afval- en proceswater werd geloosd op het kanaal. Ook andere plaatsen langs en nabij het kanaal hebben tot in de jaren 60 van de vorige eeuw ongezuiverd afvalwater geloosd op het Valleikanaal.
