SMILES: verschil tussen versies

Verwijderde inhoud Toegevoegde inhoud
Immeëmosol (overleg | bijdragen)
k Tree > Boom_(datastructuur)
MauritsBot (overleg | bijdragen)
k link(s) naar dp verwijderd: chemische elementen met AWB
Regel 4:
 
==Definitie==
Het molecuul wordt weergegeven in een [[boomstructuur]] en de SMILES voor dat molecuul wordt verkregen door de labels van de knopen in de [[Boom_Boom (datastructuur)|boom]] op te sommen zoals in een ''depth-first-search''. Een label in de boom is de standaard representatie van het chemische element in rechte haken. De label van [[goud]] is dus <nowiki>'[Au]'</nowiki>.
 
Vertakkingen in de boom worden aangegeven met de haken: '(' en ')'. Wanneer de rechte haken bij een molecuul zijn weggelaten dan zijn de [[Waterstof (element)|waterstof]]atomen aan dit molecuul weggelaten, zo kan [[methaan]] aangeduid worden met '[C]([H])([H])([H])[H]' en het kortere 'C'. De lading van een atoom wordt weergegeven door een aantal keren '-' of '+' achter het label te plaatsen of door een keer '-' of '+' en dan een numerieke waarde. Zo kan het hydroxide [[anion]] gerepresenteerd worden door <nowiki>'[OH-]'</nowiki> en door <nowiki>'[OH-1]'</nowiki>.
 
Een molecuul kan een of meerdere ringstructuren bevatten. Om deze in een boom te kunnen opslaan, worden de ringen verbroken. Op de plaatsen waar de ringen verbroken worden, worden de labels in de boom uitgebreid met een getal. Gelijke getallen willen zeggen dat er in het molecuul daar een verbinding is. [[Cyclohexaan]] wordt gerepresenteerd door 'C1CCCCC1'.
Regel 19:
 
==Externe links==
 
* [http://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smiles.html SMILES tutorial]
* Web-gebaseerde applicaties die SMILES kunnen omzetten in 2D structuur afbeeldingen