Popović nam met Australië deel aan de [[Voetbal op de Olympische Zomerspelen 1992/Voetbal|Olympische Spelen 1992]] van [[Barcelona (stad)|Barcelona]]. Tussen 1995 en 2006 speelde hij 58 interlands voor het [[Australisch voetbalelftal|Australisch nationaal elftal]], waarin Popović acht doelpunten maakte. Hij behoorde tot de Australische selectie voor de [[Confederations Cup 2001]] en het [[Wereldkampioenschap voetbal 2006|WK 2006]]. Popović speelde op het WK alleen in de wedstrijd tegen [[Braziliaans voetbalelftal|Brazilië]]. In deze wedstrijd liep hij een kuitblessure op waardoor de verdediger de rest van het toernooi niet kon spelen. Op 4 oktober 2006 speelde Popović voor de laatste keer voor de ''Socceroos'' in een oefenwedstrijd tegen [[Paraguayaans voetbalelftal|Paraguay]], waarin ook [[Željko Kalac]], [[Tony Vidmar]] en [[Stan Lazaridis]] hun laatste internationale optreden hadden.
